Поставщик сменил КПП. Что ответить на требование налоговой, если у нас документы со старым КПП?

Если ничего не поменялось, то организация сдает одну декларацию по НДС за все свои филиалы и ОП, поэтому там стоит КПП головной организации, а СФ вы могли получить от какого-либо филиала с другим КПП и соответственно также отразить ее в своей декларации. Налоговая на это не обращает внимания. Может со сменой основного КПП по-другому, конечно. А может тут дело совсем в другом. У меня из-за смены КПП такого никогда не было.
Напишите им письмо с объяснением.

тоже склоняюсь к письму.
ОП нет у них