Корректировка налоговой задолженности "задним числом" с предоставлением справки о её отсутствии

Нашему предприятию для целей получения субсидии важно иметь статус добросовестного налогоплательщика, т.е - чтобы отсутствовала задолженность по налогам и сборам. Собственно, на момент обращения за получением субсидии мы были уверенны, что так оно и есть. Но оказалось, что по причине неправильного оформления платежного документа об уплате налога ( неправильно указан налоговый период ) по одному налоговому периоду возникла переплата суммы налога, а по другому - недоплата, и нам начислили пеню. Сейчас орган государственной власти - распорядитель субсидий, с которым мы судимся по делу о признании незаконным решения об отказе в выплате субсидии, ссылается, что задолженность у нас имелась и его решение об отказе было принято правомерно. В его распоряжении есть справка из налогового органа, подтверждающая, что задолженность у заявителя имеется, он передал эту справку в суд в качестве доказательства. Мы написали в налоговый орган письмо о корректировке назначения платежа, налоговый орган дал справку о том, что сумма недоимки скорректирована и программно уменьшена, в связи с чем на указанную нами дату ( дату, когда мы обращались за субсидией ) она отсутствовала.

У меня вопрос : какую справку примет суд в качестве доказательства наличия или отсутствия задолженности по налогам - ту, что представил госорган о наличии задолженности на момент нашего обращения за субсидией, или ту, которая представлена нами, о том, что назначение платежа скорректированно и на указанную дату отсутствовала ?