В период войны Саддам Хусейн распорядился о проведении операции <<Анфаль>> против иракских курдов, в ходе которой иракские войска применяли химическое оружие, одновременно проводились репрессии по отношению к антивоенным активистам, по большей части деятелям шиитской общины.
Война принесла огромные людские потери, став одним из крупнейших конфликтов, произошедших после окончания Второй мировой войны, приведя к упадку всех отраслей экономики и резкому снижению уровня жизни населения в обеих странах.
Через два года после окончания войны, в 1990 году, по инициативе Хусейна произошло иракское вторжение в Кувейт, которое привело к началу международной операции по его освобождению.
Вторжение в Кувейт вызвало единодушное осуждение мирового сообщества. На Ирак были наложены санкции, и по мандату ООН была создана международная коалиция, ведущую роль в которой играли США, пользовавшиеся поддержкой всех стран НАТО и умеренных арабских режимов.
Из-за поражения Ирака в войне в 1991 году произошло вооружённое восстание шиитов и курдов в Ираке, жёстко подавленное правительством, в результате чего погибло не менее 100 000 человек. Подавление восстания сопровождалось пытками и массовыми казнями мусульман-шиитов, расстрелами подозреваемых в оппозиционной деятельности на стадионах или с применением вертолётов. Расправившись с шиитами, Багдад бросил войска против курдов. Они быстро вытеснили курдов из городов. Авиация бомбила селения, дороги, места скопления беженцев. Десятки тысяч мирных жителей устремились в горы, где многие из них погибли от холода и голода. В ходе подавления курдского восстания более 2 млн курдов стали беженцами
В апреле 2003 года международная коалиция во главе США вторглась в Ирак и свергла режим Хусейна. Как оказалось, Саддам переоценивал мощь иракской армии и советстского вооружения, неадекватно анализировал ситуацию в мире и не ожидал начала вторжения, предполагая, что дело ограничится бомбардировками (как в 1998 году)